Collagen có thể bị phân hủy bởi các protease cụ thể, tức là có thể phân hủy sinh học. Bởi vì collagen có cấu trúc xoắn chặt chẽ và chắc chắn, hầu hết các protease chỉ có thể cắt đứt các chuỗi bên của nó. Chỉ những protease cụ thể như collagenase và elastase mới có thể làm suy giảm collagen và phá vỡ các liên kết peptide của collagen trong những điều kiện cụ thể. Một khi liên kết peptit của collagen bị phá vỡ, cấu trúc xoắn của nó sẽ bị phá hủy và bị thủy phân hoàn toàn thành polypeptit phân tử nhỏ hoặc axit amin. Các chất phân tử nhỏ có thể đi vào hệ tuần hoàn máu và được cơ thể tái sử dụng hoặc chuyển hóa. Khả năng phân hủy sinh học là cơ sở để collagen được sử dụng làm vật liệu cấy ghép nội tạng.
